Retrouvez comme dans le premier titre, votre Goomba et dirigez-le contre Mario et Luigi. Suite à la précédente défaite de vos adversaires, ces derniers ne se sont pas avoués vaincus pour autant et ont commis le plus gros crime de l'empire des Goombas : kidnapper Koopa, la mascotte des Goombas. Vous repartez donc dans une nouvelle aventure bourrée de secrets et de fragments de Yoshi cachés plus ou moins bien dans l'ensemble des niveaux. Plus vous en récupèrerez, plus vous aurez de chances de délivrer Koopa... La chasse aux Mario et Luigi est de nouveau ouverte !